Палеонтология, Paleontology, Ammonit.ru Палеонтология, Paleontology, Ammonit.ru
Логин
Пароль

Регистрация

Забыли пароль?

 | Палеонтология, палеонтологический портал "Аммонит.ру" |   English version of paleontological portal Ammonit.ru |  Места находок | Геохронологическая шкала | Типы окаменелостей |

 | Виртуальный палеонтологический музей | Публикации | Новости палеонтологии | Пользователи  | Палеонтологические тэги |  

Лобная кость черепа Homo (голоцен. Раннее средневековье)

Найден в донных отложениях небольшой речки в Коченёвском районе Новосибирской области. После того, как фрагмент черепа (это лобная кость с верхней частью глазниц) высох, стало понятно, что по сохранности это, скорее всего, плейстоцен. Пока что отдал фрагмент антропологам, они снимут с него всю возможную информацию. Предварительные результаты такие: это, конечно, сапиенс, но с рядом архаичных признаков, предположительно женщина около 20-25 лет.

Upd.1: Данную находку отсеквенировали в Лейпциге, в институте Макса Планка. Скорее всего она голоценовая. Гаплотип, к которому принадлежит этот человек, появился только в голоценовое время. Поэтому не стали делать прямую дату.

Upd.2: В конце мая приезжал Бенц Виола, непосредственно принимавший участие в ее изучении,но, к сожалению, никакой новой информации он не привёз, кроме того что череп этот по гаплотипу – голоценовый. Должен выслать позже распечатку результатов исследования этой черепной крышки.

Upd.3: Генетики не сдаются - последние их исследования поставили более конкретную дату. Да, это голоцен. И более конкретно - раннее средневековье. Приблизительно 6 век н.э.

Upd.4: Только сейчас удалось немного прояснить ситуацию в отношении фрагмента черепа с Чика. Из него в институте Макса Планка в Лейпциге была выделена митохондриальная ДНК. Она показала, что находка, несомненно, голоценовая. Данный гаплотип появился только в голоцене. Прямую дату по кости пока не делали.Находку будут исследовать и в дальнейшем (поскольку их интересует, по-видимому, не только плейстоценовый человек, но и голоценовый, тем более с территории Сибири), но на настоящий момент она не является приоритетной – поняли что голоцен, и отложили пока что в сторонку.

Итак, сам отчет об изучении черепной крышки:

Ancient DNA and radiocarbon dating of a hominin skull from the Chik River (Russia)
Dpt. of Evolutionary Genetics, Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology, Leipzig, Germany
Viviane Slon, July 2017

1. Materials and methods
1.1. Materials
We analyzed a hominin skull cap (SP4659 in our database) discovered in the Chik riverbed, the Ob basin (Kochenevo Region, Novosibirsk Province, Russia), 300m downstream from the railway bridge and 15-20m downstream from the footbridge. Prior to sampling, the skull fragment was µCT-scanned by the Human Evolution Dept. at MPI-EVA.

1.2. DNA extraction and library preparation
Following the removal of surface material, a sample of 41.6mg was removed from the specimen using a sterile dentistry drill. DNA was extracted using a silica-based method targeted at the retrieval of short DNA molecules (Dabney et al., 2013). An aliquot of the extract (E4661) was converted into a single-stranded DNA library (D6922) (Gansauge et al., 2017), and barcoded with a pair of unique indexes (Kircher et al., 2012).

1.3. Mitochondrial capture
The indexed DNA library (D6970) was enriched for mitochondrial DNA (mtDNA) sequences with probes covering the full human mitochondrial genome (Maricic et al., 2010; Fu et al., 2013).

1.4. Sequencing and raw sequence processing
The captured library (D4397) was pooled with other libraries originating from other projects and sequenced on a MiSeq platform (Illumina). Furthermore, an aliquot of the DNA library, which had not been captured for mitochondrial sequences, underwent shotgun sequencing.

1.5 Mapping to a reference genome
Sequences were aligned to the human reference genome using parameters adapted to ancient DNA (Meyer et al., 2012). For nuclear sequences, sequences shorter than 35 bases and with a mapping quality lower than 30 were discarded to avoid spurious alignments to the reference genome. Mitochondrial sequences were retained for further analyses only if they were longer than 30 bases.

1.6 Sampling for radiocarbon dating and isotope analysis
Following the removal of surface material from a different area of the skull, a sample of 506.9mg was removed from the specimen and sent to the Oxford Radiocarbon Accelerator Unit (ORAU) for radiocarbon dating and isotope analysis.

2. Results
2.1. DNA library from the Chik River specimen
The number of DNA molecules recovered from the Chik River specimen was 6.83x109, which was higher than extraction and library preparation negative controls, indicating a successful preparation of the sample for sequencing.
For the shotgun data, 41.4 million reads were generated, out of which 0.27% could be mapped to the human nuclear genome. After enrichment for mitochondrial sequences, 47,161 unique mtDNA sequences were generated. Molecules were seen multiple times (average duplication rate of 5.6), indicating an adequate sequencing depth.

2.2. Ancient DNA authenticity
The ends of ancient DNA molecules tend to carry uracils (U), which arise over time through deamination of cytosines (C) (Briggs et al., 2007) and are read by DNA polymerases as thymines (T). Thus, the presence of ancient DNA in a sample can be evaluated based on the frequency of C to T substitutions at the 5’ and 3’ ends of the sequences (Krause et al., 2010). 19.2% and 10.7% of Cs at the end of the mtDNA fragments (5’ and 3’ end, respectively) appeared as Ts. This suggests that the DNA library contains molecules of ancient origin.

2.3 Phylogenetic analysis
We aimed to determine whether the endogenous mtDNA of the Chik River specimen is most closely related to modern human, Neandertal or Denisovan mitochondrial genomes. In order to mitigate the influence of putative contamination by present-day human DNA, we restricted the analysis to sequences carrying an apparent C to T substitution at one of their ends (Meyer et al., 2014). Using 3,455 such sequences, the mitochondrial sequence of the Chik River specimen was partially reconstructed. The average mtDNA coverage was 9.6-fold, and 2,637 positions could not be confidently called.
This partial mtDNA sequence was aligned to the mtDNAs of ten present-day humans, ten ancient modern humans, ten Neandertals, four Denisovans, a hominin from Sima de los Huesos (Spain) and a chimpanzee (Pan troglodytes). The Chik River mitochondrial genome falls within the variation of modern humans (Fig. 1).

Fig.1

Figure 1. Neighbor-joining tree relating the partial mtDNA sequence of the Chik River specimen (in red) to other ancient and present-day mtDNAs. This analysis shows that the Chik River mtDNA sequence falls within modern human variation. Ancient specimens are noted in italics. Support for each branch is based on 500 bootstrap replications. The phylogenetic tree was produced in MEGA6 (Tamura et al., 2013), using a chimpanzee mtDNA as an outgroup.

2.4 Sex determination
We determined the sex of the Chik River specimen by comparing the number of putatively deaminated sequences mapping to the X chromosome to the average number of such sequences mapping to the autosomes. The coverage of the X chromosome is half the coverage of the autosomes (ratio of 0.5), indicating that the Chik River specimen was a male.

2.5 Radiocarbon dating and isotope analysis
Radiocarbon dating and isotope analysis were carried out at the Oxford Radiocarbon Accelerator Unit (ORAU). The Chik River specimen (OxA-35789) was dated to 1524±24 uncal. BP. The sample displayed d15N = +14.1 ‰ which suggests a possible aquatic dietary component and associated radiocarbon reservoir effects.

3. Conclusions
The extraction and sequencing of DNA from the Chik River specimen were technically successful. In concurrence with the radiocarbon dating, we find that this individual carried a mitochondrial genome of the modern human type.
4. References
Briggs, A.W., Stenzel, U., Johnson, P.L.F., Green, R.E., Kelso, J., Prüfer, K., Meyer, M., Krause, J., Ronan, M.T., Lachmann, M., Pääbo, S., 2007. Patterns of damage in genomic DNA sequences from a Neandertal. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 104(37), 14616-14621.
Dabney, J., Knapp, M., Glocke, I., Gansauge, M.-T., Weihmann, A., Nickel, B., Valdiosera, C., García, N., Pääbo, S., Arsuaga, J.-L., Meyer, M., 2013. Complete mitochondrial genome sequence of a Middle Pleistocene cave bear reconstructed from ultrashort DNA fragments. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 110(39), 15758-15763.
Fu, Q., Meyer, M., Gao, X., Stenzel, U., Burbano, H.A., Kelso, J., Pääbo, S., 2013. DNA analysis of an early modern human from Tianyuan Cave, China. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 110(6), 2223-2227.
Gansauge, M.T., Gerber, T., Glocke, I., Korlevic, P., Lippik, L., Nagel, S., Riehl, L.M., Schmidt, A., Meyer, M., 2017. Single-stranded DNA library preparation from highly degraded DNA using T4 DNA ligase. Nucleic Acids Research 45(10):e79.
Kircher, M., Sawyer, S., Meyer, M., 2012. Double indexing overcomes inaccuracies in multiplex sequencing on the Illumina platform. Nucleic Acids Research 40(1), e3.
Krause, J., Briggs, A.W., Kircher, M., Maricic, T., Zwyns, N., Derevianko, A., Pääbo, S., 2010. A complete mtDNA genome of an early modern human from Kostenki, Russia. Current Biology 20(3), 231-236.
Maricic, T., Whitten, M., Pääbo, S., 2010. Multiplexed DNA Sequence Capture of Mitochondrial Genomes Using PCR Products. PLoS ONE 5(11), e14004.
Meyer, M., Kircher, M., Gansauge, M.-T., Li, H., Racimo, F., Mallick, S., Schraiber, J.G., Jay, F., Prüfer, K., de Filippo, C., Sudmant, P.H., Alkan, C., Fu, Q., Do, R., Rohland, N., Tandon, A., Siebauer, M., Green, R.E., Bryc, K., Briggs, A.W., Stenzel, U., Dabney, J., Shendure, J., Kitzman, J., Hammer, M.F., Shunkov, M.V., Derevianko, A.P., Patterson, N., Andrés, A.M., Eichler, E.E., Slatkin, M., Reich, D., Kelso, J., Pääbo, S., 2012., A high-coverage genome sequence from an archaic Denisovan individual. Science 338(6104), 222-6.
Meyer, M., Fu, Q., Aximu-Petri, A., Glocke, I., Nickel, B., Arsuaga, J.-L., Martínez, I., Gracia, A., Bermúdez de Castro, J.M., Carbonell, E., Pääbo, S., 2014. A mitochondrial genome sequence of a hominin from Sima de los Huesos. Nature 505(7483), 403-406.
Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., Kumar, S., 2013. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Molecular Biology and Evolution 30, 2725-2729.


Дополнительные фото
фото1
фото2
Фото3

Фотография создана 28 августа 2016 года

Ключевые слова (тэги): Homo, голоцен, sapiens

Добавить в избранное

Постоянный адрес фотографии:
Permanent link:

HTML-ссылка на фотографию:
HTML-link to this page:

Если вы хотите оставить комментарий,
вам нужно зарегистрироваться (или авторизоваться, если вы уже зарегистрированы)

Комментарии:

<a href="http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#277116">http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#277116</a>

Добавить в избранное

0

Очень классная и интересная находка!!!

комментарий 1 уровня

Комментарий создан 28 августа 2016 года в 21:44:27

<a href="http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#277124">http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#277124</a>

Добавить в избранное

0

Спасибо, действительно очень повезло с находкой. На данный момент кость находится в ИАЭ СО РАН на изучении. Не исключено, что потом возьмут образец на прямое датирование и привлекут для дальнейшего исследования генетиков (если в кости вообще сохранился коллаген).

комментарий 2 уровня

Комментарий создан 29 августа 2016 года в 05:12:05

<a href="http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#277125">http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#277125</a>

Добавить в избранное

0

Зубы найти надо, по ним точно смогут всё узнать и днк взять. Может стоит еще поискать в том месте где и этот образец нашли?

комментарий 3 уровня

Комментарий создан 29 августа 2016 года в 05:47:02

<a href="http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#277126">http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#277126</a>

Добавить в избранное

1.5

Совершенно с Вами согласен - это оптимальный вариант с зубами. К сожалению там все в переотложенном состоянии. Поднят образец был со дна речки, из илистых наслоений. На глубине более метра над поверхностью воды. Попытки найти рядом что либо ещё от homo - не увенчались успехом. Течение делает своё дело. Все разносит. Крайне маловероятно, что именно в этом же месте будет обнаружено что либо ещё. Хотя... В сентябре планируется выезд на местонахождение совместно с сотрудниками института. Посмотрим, что нас ждёт.

комментарий 4 уровня

Комментарий создан 29 августа 2016 года в 06:15:58

<a href="http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#277127">http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#277127</a>

Добавить в избранное

0

Удачи в поисках!!!

комментарий 5 уровня

Комментарий создан 29 августа 2016 года в 07:15:06

<a href="http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#277137">http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#277137</a>

Добавить в избранное

0

Да уж, не часто на сайте балуют человечинкой! Поздравляю с замечательной находкой!

комментарий 1 уровня

Комментарий создан 29 августа 2016 года в 08:15:55

<a href="http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#277144">http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#277144</a>

Добавить в избранное

0

Спасибо!

комментарий 2 уровня

Комментарий создан 29 августа 2016 года в 10:00:32

<a href="http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#277138">http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#277138</a>

Добавить в избранное

0.5

Круть!Антропология форева!

комментарий 1 уровня

Комментарий создан 29 августа 2016 года в 08:30:38

<a href="http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#277922">http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#277922</a>

Добавить в избранное

0

А какой сапиенс ? Неандерталес или сапиенс, или денисовский?

комментарий 2 уровня

Комментарий создан 12 сентября 2016 года в 21:01:08

<a href="http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#278047">http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#278047</a>

Добавить в избранное

0

Над этим сейчас работают в Институте Археологии и этнографии. Как только будет получена дополнительная информация - она тут же окажется здесь.
Сам Анатолий Пантелеевич Деревянко заинтересовался данной находкой, так что процесс изучения идёт полным ходом.

комментарий 3 уровня

Комментарий создан 15 сентября 2016 года в 17:56:49

<a href="http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#278055">http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#278055</a>

Добавить в избранное

0

КРУТАЯ НАХОДКА !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!Поздравляю !!!!!!!!!!!!!!!!!!!

комментарий 4 уровня

Комментарий создан 15 сентября 2016 года в 22:13:47

<a href="http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#278082">http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#278082</a>

Добавить в избранное

0

Спасибо, Вячеслав)

комментарий 5 уровня

Комментарий создан 16 сентября 2016 года в 04:34:16

<a href="http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#278103">http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#278103</a>

Добавить в избранное

0

На вскидку неандерталец ( очень массивные надбровные дуги, низкий свод черепа ) или очень ранний сапиенс.

комментарий 4 уровня

Комментарий создан 16 сентября 2016 года в 10:07:24

<a href="http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#278113">http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#278113</a>

Добавить в избранное

0.8

Первая мысль такая же была, Про неандертальца. Тем не менее на данный момент ожидаем решения специалистов.
Фрагмент черепа взяла на исследование антрополог из ИАЭТ СО РАН Т.А. Чикишева. Но она сейчас в отпуске, попозже поинтересуюсь, что удалось выжать из этого фрагмента. Ну и конечно, необходимо получить прямую дату по черепу. А.П.Деревянко планирует сделать это через институт Макса Планка в Лейпциге. Вполне вероятно, что человек может оказаться и голоценовым. Хотя по всем признакам сохранности кость и не отличается от костей плейстоценовых зверей с этого же местонахождения, это впечатление может оказаться обманчивым.
Ждем результатов.

комментарий 5 уровня

Комментарий создан 16 сентября 2016 года в 15:03:35

<a href="http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#278459">http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#278459</a>

Добавить в избранное

0

Удивительная и прекрасная находка!

комментарий 1 уровня

Комментарий создан 21 сентября 2016 года в 13:27:13

<a href="http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#279515">http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#279515</a>

Добавить в избранное

2

Как и было обещано, мы все же выезжали с нашим академиком посмотреть место находки лобной кости человека. А.П. Деревянко на месте прикидывал, где могла находится предполагаемая стоянка человека, где бы можно было заложить шурф. Обычно это где-то на высоком мысу, при впадении в главную реку бокового притока. Так ничего подходящего и не увидел. Смотрели разрезы. Скорее всего, останки человека попали в речные отложения точно так же, как и других животных. Несомненно также, что до места находки они транспортировались рекой на протяжении десятков или сотен метров от места первоначального захоронения. Похоже, что толща речных песков с обильным содержанием раковин моллюсков образовалась в результате интенсивного перемыва плейстоценовых отложений в раннеголоценовое время. По раковинам моллюсков из слоя песков, чуть выше уреза воды, была получена ранее дата 9200 лет. В настоящее время река размывает, таким образом, по второму разу свои собственные отложения с переотложенными ещё в раннеголоценовое время плейстоценовыми костями.
В ближайшее время приедет человек из института Макса Планка и возьмёт образцы на ДНК и прямое 14С датирование. Потом находку передадут в Москву, Медниковой Марии Борисовне, она и будет её изучать как антрополог. Запасёмся терпением.

комментарий 1 уровня

Комментарий создан 5 октября 2016 года в 18:17:58

<a href="http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#279516">http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#279516</a>

Добавить в избранное

0

Спасибо за информацию! Подождем, расскажите пожалуйста потом, что удасться выяснить.

комментарий 2 уровня

Комментарий создан 5 октября 2016 года в 18:25:44

<a href="http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#279517">http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#279517</a>

Добавить в избранное

0.5

Обязательно!
Как только будут свежие новости - они тут же будут опубликованы здесь.

комментарий 3 уровня

Комментарий создан 5 октября 2016 года в 18:40:13

<a href="http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#293063">http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#293063</a>

Добавить в избранное

0.5

Удивительно, как это я пропустил такую неординарную находку. Мои поздравления! Стараниями науч-популярного портала "Антропогенез" сейчас подобные находки лично для меня особенно интересны. Стоит ли ждать в ближайшее время каких-либо новостей по её изучению?

комментарий 4 уровня

Комментарий создан 30 марта 2017 года в 15:46:36

<a href="http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#293111">http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#293111</a>

Добавить в избранное

1

Спасибо, Иван!
Конечно ждать.
Черепная крышка оправлена в Лейпциг - с января в ожидании результатов. Как было сказано - там должны сделать биомолекулярный и радиоуглеродный анализ.

комментарий 5 уровня

Комментарий создан 31 марта 2017 года в 09:36:20

<a href="http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#310660">http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#310660</a>

Добавить в избранное

0

Upd.3: Генетики не сдаются - последние их исследования поставили более конкретную дату. Да, это голоцен. И более конкретно - раннее средневековье. Приблизительно 6 век н.э.

комментарий 1 уровня

Комментарий создан 4 ноября 2017 года в 07:35:44
отредактирован 16 ноября 2017 года в 08:55:17

<a href="http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#311584">http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#311584</a>

Добавить в избранное

1

Upd.4:
Только сейчас удалось немного прояснить ситуацию в отношении фрагмента черепа с Чика. Из него в институте Макса Планка в Лейпциге была выделена митохондриальная ДНК. Она показала, что находка, несомненно, голоценовая. Данный гаплотип появился только в голоцене. Прямую дату по кости пока не делали.Находку будут исследовать и в дальнейшем (поскольку их интересует, по-видимому, не только плейстоценовый человек, но и голоценовый, тем более с территории Сибири), но на настоящий момент она не является приоритетной – поняли что голоцен, и отложили пока что в сторонку.

комментарий 1 уровня

Комментарий создан 16 ноября 2017 года в 08:54:51

<a href="http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#311640">http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#311640</a>

Добавить в избранное

1.5

Отчет по изучению крышки добавил к описанию фото.

комментарий 1 уровня

Комментарий создан 17 ноября 2017 года в 09:44:50

<a href="http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#311649">http://www.ammonit.ru/foto/51857.htm#311649</a>

Добавить в избранное

0.8

Спасибо за подробный отчет! Если бы судьбу всех находок на Аммоните их авторы так отслеживали!

комментарий 2 уровня

Комментарий создан 17 ноября 2017 года в 12:25:59



Страница сгенерировалась за 0.112946987152 секунд